El Departamento de Defensa de EE.UU. planean bombardear las barreras contra inundaciones que protegen Nueva York y hundir a la parte baja de Manhattan para acabar con los Ceph. Alcatraz viaja a través de los túneles del metro cerca de del ayuntamiento, y combate contra hordas de Alienígenas Ceph. Luego de salir se encuentra con varias de las largas espigas que dispersan las esporas en la ciudad y envenenan a la población. Hargreave le explica que el ADN alienígena se fusiona con el Nanotraje 2.0 y esto le permite destruir las espigas, lo que actúa a su vez como una vacuna. luego de introducirse en la espiga central y luego ser expulsado Hargreave envía un helicóptero para evacuar a Alcatraz antes que la inundación lo alcance, Alcatraz llega el helicóptero de evacuación, pero es demasiado tarde para escapar de la inundación y es arrastrado por esta.
En este nivel hay un resumidero ubicado cerca del final del nivel, donde se forma un poderoso remolino, al tirar una unidad Ceph al resumidero saltará el logro "Hoyo en Uno".
