El Origen de Todo Mal es el tercer nivel de Crysis 3, aquí Prophet tiene como objetivo destruir una presa de CELL y después infiltrarse en el Sistema X de CELL y descubrir que es lo que ocultan en ese lugar.
Tras una reunión con Claire Fontanelli y Karl Ernst Rasch, Prophet y Psycho tienen como objetivo destruir las dos fuentes de energía de CELL en Nueva York, las cuales son una Presa y el llamado "Sistema X", Prophet se infiltra en la presa y finalmente detona cargas en un punto vital de la presa lo que causa el colapso de la construcción y deja pasar toneladas de agua que arrastran a Prophet un gran tramo. Después de salir del agua, Prophet se dirige al Sistema X y tras un recorrido logro llegar al sitio. Tras infiltrarse, Prophet consigue descubrir que la fuente de energía ilimitada era el Ceph Alfa que yacía atrapado cientos de metros bajo la instalación donde le sacaban su energía y la explotaban. Finalmente el Ceph Alfa escapa de la instalación.
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